本所課程分為七類：心理學基礎課程、研究方法課程、專業倫理課程、學習與輔導及諮商理論與技術兩領域基礎課程、多元及專精課程、專業實習以及論文寫作。

一、「心理學基礎課程」

提供學生心理學相關的基礎知識，包括發展心理學專題研究、人格心理學專題研究、社會心理學專題研究。

二、「研究方法課程」

培養學生進行研究應有的基本素養，包括教育學院共同課程質化研究、統計方法與應用、以及本所必修課程「研究方法」。

三、「專業倫理課程」

提供學生在諮商與心理治療專業中的倫理知識，主要課程為諮商與心理治療專業倫理研究。

四、「專業課程」

分為學習與輔導及諮商理論與技術兩個領域。學習與輔導專業領域基礎課程為教育心理學研究，技術與實作課程則包括學習策略研究、學習診斷與輔導、方案規劃與教育訓練、創造性思考研究專題研究等，以建構學生對學習輔導的專業知識及技能；諮商與心理健康領域基礎課程包括變態心理學專題研究、心理測驗與衡鑑、諮商與心理治療理論研究；技術與實作課程包括諮商與心理治療技術研究、初談技巧與實習、團體諮商研究。

五、「多元及專精課程」

結合實務應用性以及本所教師之專長，提供包括正向心理學專題研究、學校社區與企業心理健康專題、生涯諮商專題研究、家族與伴侶諮商專題研究、犯罪心理學專題研究、危機創傷處理專題研究、創造性藝術治療專題研究、多元文化諮商專題研究、兒童青少年諮商專題研究、老人心理學專題研究、靈性治療專題研究、諮商前瞻趨勢專題研究、本土心理學專題研究、社區系統合作專題研究等課程，以加強學生在諮商與學習輔導的實務應用。

六、「專業實習」

提供學生將專業知能應用在各級學校、社區心理中心及各相關機構。其中兼職實習每週至少實習6小時，全職實習合計應達43週或1,500小時以上，未來欲報考諮商心理師者需修讀此類課程。

七、「論文寫作」

學生應具備學術研究應有之水準，在提論文提要前，學生必須提出至少一篇期刊刊登或研討會論文(至少2,000字)發表，亦需先通過APA論文寫作格式之考試，確保論文寫作格式符合學術要求，最後則依程序完成學位考試。

教育心理與諮商研究所課程架構圖